上海药物研究所成立于1932年， 1933年迁至上海福开森路（现为武康路），1958年迁至岳阳路319号。上海药物所是以创新药物的基础、应用基础和应用开发研究为主的综合性研究所，研究领域涉及化学和生物学两大学科，主要包括天然产物化学、药物合成化学、新药筛选、药理学、毒理学、药物分子设计以及药物代谢动力学、制剂学、药物质量控制、组合化学等。2000年院党组决定将药物研究所迁址浦东张江高科技园区祖冲之路555号，新址总用地面积约29354平方米，总建筑面积25875平方米，其中工作用房24326平方米，公共服务设施1548平方米，包括：化学楼、药理楼、联合实验楼、实验动物房、综合办公楼等 7 幢建筑。新所按照国际通行的GLP标准进行建设，涵盖了药物研究所必需的全部功能。容积率0.88, 绿化率45.14%。项目总投资12669万元，其中创新专项投资2769万元，自筹229万元，贷款9671万元。
　　上海药物所张江新所的建成，实现了建立我国创新药物研究新的高水平研究平台的目标，是我国药物创新体系建设的重要成果。药物所新所不仅根本改变了原有的药物化学、植物化学、药理学和分析化学的研究条件，还建立了药物代谢中心、药物制剂中心、药物安全性评价中心、药物设计中心和实验动物室等一批一流的、与国际规范接轨的科研设施，使药物所创新药物的研究体系更加完备，综合创新能力大为提高。药物所新所已成为我国创新药物研究体系中专业配套最齐全、设施条件最先进、创新药物研究开发能力最强的研究机构。目前药物所承担国家、中科院和上海市科研项目129项，其中包括“973”、“863”和“十五”国家重大科技专项等重大科研项目50余项。新所建成后已有数十个国内外相关科研机构、大学、制药企业和设计单位来所访问交流，受到广泛好评，大大改善了国际和国内合作的设施条件。

　　新所建立了以药物所为核心的“一所七中心”的创新药物研究平台。为张江高科技园区生物医药产业的发展注入了强大的活力，其聚集效应十分明显。同时，该所一流的大型仪器设备等科研装备和生物医药图书资料也已成为浦东新区最为重要的科研公共仪器装备和图书资料平台，将在浦东新区科学事业的发展中发挥重要作用。新的科研设备条件使科研人员在抗SARS病毒的科研攻关中取得了重要的研究成果，发现了数个具有明显的细胞水平对抗SARS病毒的高活性的化合物。