上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、江苏、浙江、福建及江西等地区的研究院所。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中国科学院华东办事处，1950年4月在南京设立华东办事处南京分处，接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究机构，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中国科学院撤销分院体制，1977年11月恢复成立中国科学院上海分院。2025年10月，中国科学院南京分院不再保留，并入上海分院。
上海分院系统现有27家研究机构：上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海营养与健康研究所、分子细胞科学卓越创新中心、脑科学与智能技术卓越创新中心、分子植物科学卓越创新中心、上海天文台、上海药物研究所、上海高等研究院、微小卫星创新研究院、南京地质古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、紫金山天文台、南京天文光学技术研究所、工业人工智能研究所、苏州纳米技术与纳米仿生研究所、苏州生物医学工程技术研究所、宁波材料技术与工程研究所、杭州医学研究所、福建物质结构研究所、城市环境研究所和赣江创新研究院。
上海分院系统各研究所学科领域广泛，在优势研究领域有着长期的积累，并持续拓展新的研究方向与体系布局。在物质科学与技术领域，包括先进光源与同步辐射技术、核科学与核工程技术、高能量密度物理、天体物理、天体测量与天体力学、天文技术与方法、有机与高分子材料化学、无机非金属与金属材料、稀土与功能矿物材料、纳米技术与仿生材料等；在信息科学与技术领域，包括通信与网络技术、微电子与光电子技术、激光与红外技术、微小卫星与空间信息工程、人工智能与智能系统等；在生命科学与技术领域，包括生物化学与分子生物学、细胞神经与发育生物学、植物生理学、分子遗传学与合成生物技术、创新药物、核酸分子医学与免疫学、健康营养研究等；在资源环境领域，包括城市环境与暴露科学、古生物学与地层学、土壤资源与可持续利用、地理环境与湖泊生态学等研究等。同时加强学科交叉和融合，加强系统集成和提供解决方案的能力，在信息、新能源、新材料、空间、海洋、人口健康以及大科学工程等领域着力部署，不断提高创新能力和科研水平。
上海分院现拥有一支近1.8万人的科研、管理和支撑队伍，其中专业技术人员超1.4万人，两院院士76人，研究员及正高级工程技术人2578人，副研究员及高级工程技术人员4280人。
面对新形势、新要求、新征程，上海分院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻党中央关于科技创新的决策部署和中国科学院党组的工作要求，始终对标习近平总书记对中国科学院提出的“四个率先”和“两加快一努力”重要指示要求，坚守国家战略科技力量主力军使命定位，当好“国家队”“国家人”，扛起“国家事”“国家责”，围绕抢占科技制高点核心任务，统筹推进改革创新发展各项工作，努力为加快实现高水平科技自立自强作出应有的贡献。
